İsrail'in, Gazze'ye yardım götüren gemilere saldırması nedeniyle Atlasjet Havayolları daha önce El-Al ile yaptığı ortak uçuş anlaşmasını İsrailli havayolu şirketi ile karşılıklı mutabakata vararak iptal etti. Mart ayında Atlasjet ile Şubat 2007 yılında Türkiyeuçuşlarını durduran EL AL İsrail Havayolları arasında imzalanan Code-Share (Ortak Uçuş) anlaşmasına göre, 20 Haziran 2010 tarihinden itibaren İstanbul-Tel-Aviv arasında haftada karşılıklı 7 sefer olarak gerçekleştirilecekti. Geçtiğimiz mart ayında yapılan anlaşmaya göre tüm uçuşlar Atlasjet ve EL AL İsrail Havayolları'nın kendi uçuş kodları ve numaraları ile ortak olarak yapılacaktı. Ayrıca anlaşma çerçevesinde Atlasjet Havayolları, El-Al İsrail Havayolları'nın sefer yaptığı New York, Los Angeles, Sao Paola, Johannesburg, Mumbai , Bangkok, Hong Kong'a, EL-AL İsrail Havayolları da Atlasjet'in sefer düzenlediği tüm iç hat ve dış hat noktalarına bağlantılı seferler ile yolcularının seyahat devamlılığını sağlayabileceklerdi. Ancak son yaşanan gelişmeler sonrası iki şirket yetkilileri de oturarak anlaşmayı durdurdu.